黑河是我国第二大内陆河，发源于祁连山北麓，流经青海、甘肃、内蒙古三省（自治区），流域南以祁连山为界，北与蒙古人民共和国接壤，东西分别与石羊河、疏勒河领域相邻，流域面积14.3万平方公里。干流全长821公里，莺落峡以上为上游，莺落峡至正义峡为中游，正义峡以下为下游。

    黑河流域战略地位十分重要。中游的张掖市，农牧业开发历史悠久，享有“金张掖”之美誉。下游的额济纳旗，边境线长507公里，区内有我国重要的国防科研基地――酒泉卫星发射中心。

    流域中下游地区极度干旱，区域水资源难以满足当地经济发展和生态平衡的需要，历史上水事矛盾已十分突出。由于人口增长和经济发展，以及对水土资源的过度开发，20世纪60年代以来，黑河进入下游的水量日益减少，河湖干涸、林森死亡、草场退化、沙尘暴肆虐等生态环境问题进一步加剧，省际水事矛盾更加突出。

    黑河流域日益严峻的生态环境问题，不仅直接威胁到当地人民群众的生存和经济发展，也对我国北方广大地区的生态环境构成了严重威胁，事关民族团结、社会安定、国防稳固的大局。

    为了加强黑河流域水资源统一管理，根据国务院的指示精神和水利部的具体部署，黑河流域管理局于1996年筹备并启动基础研究工作。1999年1月，中央机构编制委员会办公室正式批复成立水利部黄河水利委员会黑河流域管理局。2000年1月26日，黑河流域管理局在甘肃省兰州市挂牌成立，正式启动黑河流域水资源统一管理和水量调度工作。

    黑河流域管理局为黄河水利委员会下属的正厅（局）级事业单位，编制30人，下设办公室、规划计划处、水政水资源处三个处室。根据《国务院关于黑河流域近期治理规划的批复》（国函[2001]86号），黑河流域管理局负责黑河水资源的统一管理和调度；组织取水许可制度的实施，编制水量分配方案和年度分水计划，检查监督流域水量分配计划的执行情况；负责组织流域内重要水利工程的建设、运行调度和管理；协调处理流域内各省（自治区）之间的水事纠纷等。